Plutôt que d'utiliser handbrake, il vaudrait mieux transcoder depuis FCP X lors de l'import.
Mais je ne sais pas si ta version de FCP X proposait déjà la possibilité de transcodage en ProRes Proxy ou H.264 avec des définitions plus faibles que l'original comme dans le screenshot ci après :
A mon avis, la vitesse de transcodage ne devrait pas être inférieure à ce que tu obtiens avec Handbrake, et tu pourrais exporter ton montage directement à partir des originaux.
Si ta version ne permet pas le transcodage en définition inférieure, tu as toujours la possibilité de transcoder en ProRes Proxy.
Le problème est que le débit de tes rushes va passer de 100 à plus de 300 Mb/s et que tu devras prévoir un stockage 3 fois plus grand.
Mais tu devrais éviter les problèmes que tu décris avec le transcodage de Handbrake.
Je t'ai mis au téléchargement en retour ton clip transcodé en ProRes Proxy : https://transfert.free.fr/PVOfbug
Edit : ma première réponse comportait une 'coquille', je ne spécifiais pas l'appli d'analyse de tes rushes. Il s'agit de MediaInfo.